Primele legături dintre Ordinul Suveran al Maltei și românii datează din secolul al XIII-lea, când, prin Diploma Cavalerilor lui Ioan, regele Bela al IV-lea al Ungariei i-a invitat să se stabilească în Banat.

De asemenea, se consideră că primul spital din România a fost fondat de Cavalerii lui Ioan din Oradea, chiar înainte de așezarea spitalului din Sibiu a cărui înființare este atestată în 1292.

Relațiile diplomatice au fost stabilite, la nivelul legației, între România și Ordinul Suveran al Maltei în decembrie 1932, iar la 27 ianuarie 1933, primul reprezentant diplomatic al Ordinului în România, contele Henri Michel de Pierredon, și-a prezentat acreditările în acest capacitate.

Relațiile s-au încheiat în 1948, fără a fi denunțate de niciuna dintre părți. In 1960 a, a fost creată „Uniunea membrilor și a celor decorați cu Meritul Ordinului Suveran de Malta”. Redenumit în 1962 în „Asociația Română a Membrii Ordinului Suveran Militar din Malta”, a funcționat în exil în tot regimul totalitar.

La 24 mai 1991, în baza unui Protocol semnat de către Însărcinatul de afaceri român din Italia și de către secretarul de stat pentru afaceri externe al Ordinului, relațiile diplomatice au fost reluate și ridicate la nivelul ambasadorului.

În 1991 s-a născut Organizația Românească Malteză de ajutor (SAMR).

Din 1991 structurile Ordinului au crescut exponențial și au devenit a treia cea mai mare organizație a Ordinului din Europa Centrală și de Est cu aprox. 100 de angajați, 1500 de voluntari și peste 100 de proiecte.

În 2002 a fost semnat un acord de cooperare pentru asistență umanitară între România și Ordinul Suveran Militar de Malta.

2011 – a fost semnat un acord între Ministerul Comunicațiilor și Securității Sociale din România și Ordinul Militar Suveran de Malta privind serviciile poștale.

2012 – Regele Mihai a vizitat sediul Ordinului de Malta la Roma.

2012 a marcat 80 de ani de la stabilirea relațiilor diplomatice.În mai 2018 a fost semnat un Acord de cooperare în domeniul medical între România și Guvernul Ordinului Suveran Militar din Malta.

În perioada 2018-2020, Ambasada împreună cu SAMR și Asociația au lucrat împreună pentru a sprijini și dezvolta în continuare cele peste 100 de proiecte care rulează în prezent sub conducerea SAMR.

Vizite la nivel înalt

• Vizita octombrie 2019 a ÎS Mons. Jean Lafitte, Prelatul Ordinului Maltei, la Aiud, Alba Iulia și București;
• Mai 2018 Vizita premierului Viorica Dancila la HMEH Fra ’Giacomo della Torre del Tempio di Sanguinetto, Marele Maestru;
• Octombrie 2015, vizită oficială a lui Albrecht Freiherr von Boeselager, Marele Cancelar la Prim-ministrul Victor Ponta și Bogdan Aurescu, Ministrul Afacerilor Externe;
• Ianuarie 2014, vizită oficială a lui Titus Corleatan, Ministrul Afacerilor Externe la Jean Pierre Mazery, Marele Cancelar
• Noiembrie 2013, vizită oficială a dlui George Ciamba, Vice-ministru de Externe la Jean Pierre Mazery, Marele Cancelar
• Februarie 2013, vizită de stat a ES Traian Băsescu, Președintele României la HMEH Fra ’Matthew Festing, Marele Maestru
• Octombrie 2012, apel de amabilitate al ASR Principesa Margareta a României către SME Fra ’Matthew Festing, Marele Maestru
• Ianuarie 2012, apel de amabilitate al ASR Regele Mihai al României către HMEH Fra ’Matthew Festing, Gran Maestru
• Iunie 2011, Vizită de stat a HMEH Fra ’Matthew Festing în România si întâlnirea cu ES Traian Băsescu, Președintele României
• Septembrie 2008, vizită de stat a ES Traian Băsescu, Președintele României la HMEH Fra ’Matthew Festing, Marele Maestru
• Septembrie 2004, Vizită de stat a ES Ion Iliescu, Președintele României la HMEH Fra ’Andrew Bertie, Marele Maestru
• Martie 2002, Vizită de stat a HMEH Fra ’Andrew Bertie la ES Ion Iliescu, Președintele României
• Mai 2000, Vizită oficială a ES Petre Roman, Ministrul Afacerilor Externe al României la HMEH Fra ’Andrew Bertie, Marele Maestru